Иногда удаление ресурсов не самый эфективный способ удалить данные, легче всего просто очистить всю таблицу.
Вы можете, зная название таблицы, очистить её и так:
$ modx->query("TRUNCATE TABLE modx_agents_items");
Но мы советуем, очищать данные, зная название класса таблицы:
$ modx->query("TRUNCATE TABLE { $ modx->getTableName('agentsItems')} ");
Таким способом вы избежите случая, когда в системе поменяется префикс таблиц или название самой таблицы