Сначала подключаемся к серверу через putty, указываея ip и пароль, далее:
узнаем где мы вообще находимся и какие папки есть, команда показывает список файлов и каталогов
ls
доходим до директории с доменами, так чтобы при вызове команды ls появился список наших доменов
cd директория
узнаем сколько весит каждый домен:
du -h --max-depth=1